Священномученик Николай родился в 1877 году в семье священника Василия Богородского, служившего в Успенской церкви погоста Окатово Кимрского уезда Тверской губернии.
По окончании Духовной семинарии Николай Васильевич стал служить при храме псаломщиком. Это служение продолжалось с 1892 по 1906 год, когда он был рукоположен в сан диакона ко храму Благовещения погоста Благовещенье Ржевского уезда. В этом храме он служил во все время гонений, с ним был связан его исповеднический подвиг, здесь он был арестован в последний раз незадолго перед мученической кончиной. К этому времени его дети — две дочери и сын — разъехались, и он остался вместе с супругой Марией Васильевной. Управляться с хозяйством им помогала няня детей, которая, как это тогда часто бывало, связала с семьей свою жизнь.
До 1929 года у о. Николая было кое-какое хозяйство — немного земли при церкви, лошадь, две коровы. В 1929 году ему велели уплатить налог, причем сумма была столь велика, что отец диакон никоим образом не мог ее вовремя выплатить, и тогда власти отобрали его имущество, включая личные вещи, а за несвоевременную уплату налога приговорили к одному году заключения в исправительно-трудовой лагерь и к тремстам рублям штрафа. Отбыв заключение в лагере, священник вернулся в свой храм и здесь служил до гонений конца тридцатых годов.
Отец Николай был арестован 6 ноября 1937 года и заключен в Ржевскую тюрьму.
19 ноября следователь допросил председателя местного сельсовета и избача. Они ничего о «преступной деятельности» диакона рассказать не смогли. Но сказали, что о. Николай является активным деятелем церковной двадцатки, можно сказать, ее организатором, что он все время призывает крестьян не оставлять веры, посещать церковь.
Через шесть дней после последних допросов свидетелей, 25 ноября, Тройка НКВД приговорила о. Николая к расстрелу. Диакон Николай Богородский был расстрелян 27 ноября 1937 года.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.